Seguiu os cursos de Filosofia e de Matemática na Universidade de Lisboa, onde em 1525 alcançou o grau de bacharel em medicina e foi encarregado da regência da cadeira de Filosofia Moral a 4 de Dezembro de 1529, transitando em seguida para a de Lógica e depois para a de
Metafísica.
Por alvará de1529, o rei D. João III nomeou-o cosmógrafo, com a pensão de 20$00 (20 mil reis) em cada ano, cargo em que foi confirmado em 1541 com a renda duplicada. A 13 de Agosto de 1531, D. João III convida-o para professor dos seus seis irmãos e foi para Évora como tutor dos príncipes até 1534. Em 1547 passou a cosmógrafo-mor, com o vencimento de 50$00 réis. A 1 de Dezembro de 1537 é publicado o Tratado da spfera com a Theorica do Sol e da Lua em Lisboa, por Germão Galhardo. Em Janeiro de 1542 publica De corpusculis Libriunus, (16 de Outubro ) uma das obras que mais reputação lhe deu nos meios científicos. Pouco tempo depois da transferência da Universidade de Coimbra, Pedro Nunes foi ai nomeado professor, em 1544, cargo que ocupou até á sua jubilação em Julho de 1562.
Na sua qualidade de cosmógrafo ausentou-se diversas vezes de Coimbra para corresponder a pedidos do rei no sentido de resolver problemas técnicos da náutica.
Em 1546, é impresso o seu trabalho De erratis Orontii Finei, Regii Mathematicarum Lutetiae Professoris. Em 1548 é feito Cavaleiro do Hábito de Nosso Senhor Jesus Cristo. Em 1549, Diogo de Sá publica De navigatione Libri três, em Paris, o livro contém criticas a Pedro Nunes.
Em 1555, é eleito para proceder á reforma dos Estudos Universitários, juntamente com Baltazar Faria.
A 11 de Junho de 1557 morre D. João III: a rainha D. Catarina autoriza, por despacho de 21 de Outubro, Pedro Nunes a estar ausente da regência da sua Cadeira na Universidade durante 3 ou 4 anos, para se ocupar das tarefas ligadas á ciência das navegações. A 20 de Dezembro deste mesmo ano, Pedro Nunes apresenta ao Conselho da Universidade de Coimbra um alvará de lembrança em que a rainha determina que os 4 anos que ele iria passar na corte, e os 3 anos em que foi professor na Universidade de Lisboa lhe fossem contados para efeito do cômputo de jubilação. Em Julho de 1562 é-lhe concedida a jubilação por diploma de D. Catarina, sua última interferência como Regente do Reino.
Entre 1562 e 1572 afastou-se da corte e viveu em Coimbra, mas D. Sebastião voltou a chamá-lo ao serviço como cosmógrafo em 1572.
Parece ter sido a partir desse momento que se ocupou de uma «aula de esfera» (astronomia e cosmografia) destinada aos pilotos, navegadores e cartógrafos. Em 1566, publica em Bale, o volume Petri Nonii Salaciensis opera, trabalho em que são refundidos e ampliados os trabalhos que, em 1537, publicara com o titulo Tratado da Spfera, mas agora acrescidos de novos escritos. Aqui aparece pela primeira vez uma das suas obras mais notáveis: o tratado De Arte atque ratione navigandi em conjunto com o De corpusculis. Em 1567, publica em língua castelhana, na cidade de Antuérpia, o seu Libro de Álgebra en Arithmetica y geometria.
A 11 de Outubro de 1568 foi encarregado por D. Sebastião da reforma dos pesos e medidas do Reino, que foi promulgada em 1575. Em1571, é publicado um volume contendo o De corpusculis e o De erratis Orontii Finaei por António Mariz. Em 1573 a segunda edição de Petri Nonii Salaciensis Opera.
Em 1576, já viúvo, deixa Lisboa para se fixar em Coimbra.
Em 1577, recebe o convite do Papa Gregório XIII para se pronunciar sobre um projecto de Reforma do Calendário.
A 11 de Agosto de 1578 desapareceu do número dos vivos e o seu nome continuou célebre como um dos maiores matemáticos de sempre.
Pedro Nunes - Glória da Ciência Portuguesa e Universal
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